キリスト教が拡大していく中で、中世ローマ・カトリック教会は、正しい聖書の道から外れていくなど、大きな歪みを持つようになりました。16世紀の宗教改革は、それに抗議（プロテスト）して、聖書の教えに、より忠実な教会を生み出しました。これをプロテスタント教会といいます。
宗教改革における二大指導者が、マルティン・ルターとジャン・カルヴァンです。各々の感化の下にできた教派をルター派教会、改革派（あるいは長老派）教会といいます。その後も今に至るまで、この二つが宗教改革の精神を堅く守るプロテスタントの二大教派です。日本キリスト改革派教会は、この改革派教会に属します。
明治の始めから日本でもプロテスタント教会の主流は改革派（長老派）系でした。しかし、特に第二次大戦の反省を踏まえて、改めて改革派の堅い伝統に立つために、1946年に創立されたのが日本キリスト改革派教会で、全国に約130の教会・伝道所があります。
